征兵司，完成每年的征兵任务。
后勤部框架为一正四副，下设粮食司，器械司，军医司，建筑司，粮食司负责将各地征集的粮食进行运输和保存，在爆发战争时，及时发放到各支军队，保证军队维持运转，器械司负责全军将士铠甲，武器发放以及维修任务，军医司和以前有很大不同，在之前军队中，军医只给千总以上将领治疗，新成立的军医司和以前有很大不同，他们对普通士兵和将领没有区别，对此，秦楚还特意强调死亡率，明确提出对送到后方医院受伤将士进行无差别救治，不能草菅人命，建筑司对军事要塞，野战军营进行搭建。
司令部领导全军以及各地军队，秦楚对军队建设很重视，五个主力师分别驻扎在柳州府，庆远府。
其中第一师驻地柳城，第二师驻地怀化，第三师驻地柳城和庆远府边境县罗城，第四师和第五师驻扎庆远府，分别在河池以及荔波两地。
每个师满编五千人，因为东瀛火器全面超越朝廷火器，秦楚要求训练司加大对火器的操练，做到和东瀛三八步枪无缝对接，五大主力师组建完毕以后，秦楚对地方上军队建设提出议程，按照之前的计划和构想，每个县都城里军分区，但是县军分区级别和之前设定的团级不同，而是降级为营，每三个县军分区组成一个团军区，五个团军区组成一个旅分军区，地方军区主要任务是地方治安，安置伤兵以及配合征兵部进行征兵动员工作。
军分区的建设，会使得地方官员分走少部分军权，为此，陈邦彦建议秦楚，地方军分区将领任命权归属于司令部。
秦楚点头同意，地方军分区框架搭建完毕，张家玉作为副司令，向秦楚请示，各部门部长应该由谁来担任？
秦楚对三个部长人选早就心有成猪，情报部部长，暂时由江臂通兼任，等徐仁才归来，再由徐仁才担任，征兵部部长暂时由张家玉兼任，后勤部部长由陈邦彦兼任，等找到合适人选，再由合适人选担任部长。
接下来秦楚最关心，也是他最不擅长的内政，秦楚在石埭，徽州都建立以军政府为性质的政权，但是从和满清作战中，军政府可以取得暂时优势，但是从长远来看，并不是一个可以和敌人打持久战的方法。
秦楚迫切需要改变，他投奔瞿式耜，拜瞿式耜为师，就是想尽量融入到士大夫阶级，获取士大夫的支持，想获取士大夫阶级，就必须要做出一些让步，他只要做到对军队绝对掌握，可以把地方上部分权利分给士大夫，地方上就暂时由瞿式耜力量来恢复。
而瞿式耜安排在柳城居住的张同敞，就是秦楚最好的人选，张同敞现在担任桂林府总督，但是却在柳州府生活，秦楚对他的用意不言而喻，正好可以让张同敞在当地人脉来治理地方。
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